원 전 장관이 연관된 서울·양평고속도로 종점 노선 변경 의혹은 윤석열 정부 출범 후 노선의 종점이 경기 양평군 양서면에서 김건희 여사 일가 소유의 땅이 있는 강상면으로 바뀌었다는 내용을 골자로 한다. 

양서면 종점 노선은 2021년 예비타당성 조사까지 통과됐는데, 국토부가 2023년 5월 김 여사 일가 땅이 소재한 강상면 종점 노선을 검토하면서 특혜 논란이 불거졌다. 

관련 의혹이 불거지자 원 전 장관은 사업을 백지화했다. 종합특검은 원 전 장관이 이 과정에서 적법한 절차를 지키지 않았다는 의혹에 대해 들여다보고 있는 것으로 알려졌다. 

앞서 사건을 들여다본 김건희 특검(민중기 특별검사)은 특혜 의혹에 연루된 국토부 서기관 김모씨 등을 직권남용 혐의로 기소했다. 다만 '윗선'으로 지목된 원 전 장관의 혐의는 밝히지 못했다. 

사건을 넘겨받은 종합특검은 지난 3월 원 전 장관을 출국 금지했고, 4월에는 국가정보자원관리원과 국토부, 백원국 전 국토부 차관에 대한 강제수사에 착수했다. 

지난 15일에는 원 전 장관의 휴대전화를 압수한 바 있다. 

원 전 장관은 15일 페이스북을 통해 "무리한 수사와 부당한 법 적용에 절대 굴하지 않겠다"며 "특검은 더 이상 없는 죄를 만들지 말라"고 했다.